深夜アニメ（しんや-）は深夜帯に放送されるテレビアニメ。明確な定義は無いが、ここでは主に民放キー局およびBS各局で23時台～4時台に本放送されたものを対象とする。
深夜アニメは、主にアニメファンや一般若年層を対象として放送されており、とくにアニメファンを対象としたものは、後日発売されるDVDや関連商品の販売促進を主な目的としている。
独自に企画されたアニメの他、（世間一般から見れば）比較的マイナーな漫画・小説・ゲームなどを原作とするものも多数存在する。内容は、アニメファンが好むラブコメ・萌え・アクション・サイエンス・フィクション SFなどを扱ったものが多いが、中には日本テレビ系のように渋い作風の作品を擁する枠もある。